Отделение создано в 1926 году.

Профиль: офтальмоинфекции.

Научное направление: разработка методов диагностики, прогноза и лечения вирусных, хламидийных и аутоиммунных заболеваний глаз, основанная на исследовании иммунологических, иммуногенетических и биохимических аспектов патогенеза изучаемой патологии.

Клиническое направление: диагностика и лечение воспалительных заболеваний глаз.

Отделение по изучению инфекционных заболеваний глаз проводит:

- Консультативный прием больных с вирусными, бактериальными и аллергическими заболеваниями глаз высококвалифицированными специалистами;
- Операции кератопластики при бельмах и заболеваниях роговицы с использованием консервированной роговицы запатентованным методом, кератоламеллярная кератоинфузия при буллезной кератопатии;
- Хирургическое лечение заболеваний слезоотводящих путей, в том числе лазерную дакриоцисториностомию;
- Стационарное лечение воспалительных заболеваний роговицы и увеального тракта;
-Диагностика и лечение роговично-конъюнктивального ксероза

Результаты научной деятельности обобщены в монографиях:
«Офтальмогерпес» (1994)
«Аденовирусные и хламидийные заболевания глаз» (1995)
«Органные культуры» (1998)
«Хламидийный конъюнктивит (клиника, диагностика, лечение)» (2003)
«Демодекоз глаз» (2004)
«Редкие случаи в клинической офтальмологии» (2001; 2005)
«Цитокины в клинической офтальмологии» (2008).
«Атлас глазной патологии» (2008).

С 1997 по 2008 гг. сотрудниками отдела защищены 1 докторская и 6 кандидатских диссертаций.

Сотрудниками отдела в центральной печати опубликовано 128 работ. Научные исследования защищены 47 Авторскими свидетельствами и Патентами РФ. Издано 18 методических рекомендаций и 20 пособий для врачей.

В отделе работают 6 научных сотрудников, в т.ч. 1 доктор медицинских наук.

Мальханов Владимир Борисович. Руководитель отдела по изучению инфекционных заболеваний глаз Уфимского НИИ глазных болезней АН РБ. Офтальмолог. Доктор медицинских наук, профессор. Врач высшей категории. Окончил Башкирский государственный медицинский институт в 1969 году и в том же году был принят на работу врачом-офтальмологом в УфНИИ глазных болезней. В 1970-73 гг. учился в целевой аспирантуре при Институте вирусологии им. Д.И.Ивановского АМН СССР, в 1974 г. защитил кандидатскую диссертацию. В 1997 г. в диссертационном совете Самарского государственного медицинского университета защитил докторскую диссертацию на тему: «Офтальмогерпес хронического течения». Сфера научных интересов – диагностика и лечение воспалительных заболеваний глаз. Автор 45 патентов на изобретения, 8 монографий и Атласа глазных болезней,  имеет 502 публикации.

Абсаликова Диля Камилевна. Младший научный сотрудник. Офтальмолог. Окончила Башкирский государственный медицинский университет в 2006 году. В 2006-2007 гг. прошла курс интернатуры на базе больницы скорой медицинской помощи по специальности «Хирургия». С 2007 по 2010 г. прошла очную аспирантуру в Уфимском НИИ глазных болезней. Сфера научных интересов – диагностика и лечение воспалительных заболеваний глаз. Автор 16 научных работ, 2 патентов.